実際のハイパーリンクメタデータを含むフォーマット HTML (DOCX, ODT, HTML) に対しては Yes です。画像ベースの HTML (JPG, PNG, TIFF) には保存するハイパーリンクがありません。PDF ファイルは標準の PDF URL アクションを使用しますので、リンクはあらゆる PDF リーダーで動作します。
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HTML が実際のテキスト (DOCX, ODT, HTML, TXT) を含む場合は Yes。画像ベースの HTML は画像のみの PDF を生成します。検索可能にするには、変換後に /pdf-ocr/ を使って OCR を実行してください。